Kutatóhálózatának 2019-es elcsatolása óta először indul kutatási program az akadémián, egyből három is. 

Mindegyik a magyar társadalom, gazdaság és kultúra számára nemzetstratégiai jelentőségű tématerületeken működik.

Alapos előkészítés és független testületi értékelés után elnöki döntéssel ezek programok kezdik meg a működésüket:

  • Tudomány a Magyar Nyelvért Nemzeti Program 4 alprogramja
  • Fenntartható Fejlődés és Technológiák Nemzeti Program Fenntartható technológiák alprogramja
  • Nemzeti Agykutatási Program 3.0

A kutatások időtartama négy év, összes támogatásuk pedig 8,6 milliárd forint.

Freund Tamás még elnökjelölti koncepciójában, 2020 januárjában vetette fel akadémiai nemzeti programok indítását, ami megválasztásával az elnöki program kiemelt elemévé vált. 

A programok megvalósítására – a Kormánnyal való sikeres egyeztetéseket követően – 2022-ben nyílt lehetőség a Magyar Tudományos Akadémia (MTA) számára biztosított évi 3 milliárd forint összegű, „beépülő” költségvetési támogatással.

A Tudomány a Magyar Nyelvért Nemzeti Program keretében Hoffmann István akadémikus, Németh T. Enikő akadémikus és Prószéky Gábor, az MTA doktora; a Fenntartható Fejlődés és Technológiák Nemzeti Program kapcsán Bozó László akadémikus; a Nemzeti Agykutatási Program (NAP) 3.0 esetében pedig Nusser Zoltán akadémikus kapott elnöki felkérést a kutatási koncepció kidolgozására.